Alternative payment methods נשמרים תחת Settings → Payments → Alternative payment methods בנפרד מ-Credit card processors הרגילים. הם לרוב מציעים יתרון בהמרה (Shop Pay, Apple Pay) אך עם עמלות שונות וזמני סליקה שונים מכרטיסי אשראי.

בחנות ישראלית האמצעים החלופיים הנפוצים הם: Shop Pay (פעיל אוטומטית עם Shopify Payments), PayPal, Apple Pay, וב-2024 גם Bit (דרך אפליקציה מקומית). שילוב של 2-3 חלופות מכסה את רוב הלקוחות.