Shopify מספקת גיבוי ברמת הפלטפורמה (אובדן נתונים בצד שלה לא קורה), אבל לא ברמת התוכן של הסוחר — אם תמחקו מוצר בטעות, אין כפתור 'Undo' ברמת המערכת. לכן הסוחר אחראי על גיבוי תקופתי של קטלוג, תבנית, וקובץ קונפיגורציה.

בחנות ישראלית כדאי: לכפל את התבנית (Duplicate theme) לפני כל שינוי גדול, לייצא את כל המוצרים ל-CSV אחת לחודש, ולתעד את ה-Settings החשובים. אפליקציות גיבוי (Rewind, Genie) מציעות שירות שאפשר 'ליפול' חזרה לגרסה ישנה — שווה השקעה לחנויות עם 200+ מוצרים.