תחת Settings → Notifications ניתן להתאים את כל אימיילי המערכת (אישור הזמנה, עדכון משלוח, אישור החזר) ל-Branding של החנות. שופיפיי מציעה עורך שיוצר HTML מותאם לוגו + צבעים. אימיילי שיווק (Shopify Email) משתמשים גם הם ב-Brand settings אוטומטית.

בחנות עברית הקפדה על אימיילים ממותגים בעברית היא קריטית. ברירת המחדל של Shopify באה באנגלית, ובחנות עברית צריך לתרגם את כל מחרוזות — Header, גוף, Footer, וכפתורים. אימייל אישור הזמנה באנגלית מבולבל לקוח ישראלי וייתכן שיכניס אותו לבעיית אמון.