ב-Shopify, CSV משמש לייבוא קטלוג מוצרים חדש, לעדכון מחירים ומלאי בכמות גדולה, ולייצוא נתוני לקוחות והזמנות לניתוח חיצוני. לכל ישות (מוצר, לקוח, הזמנה) יש מבנה עמודות מוגדר מראש שחייבים לעמוד בו — שינוי שם עמודה או סדר שגוי יגרום לייבוא כושל או לדריסת נתונים קיימים. בעת ייבוא מוצרים עם וריאציות, מוצר מרובה-וריאציות מתפרס על מספר שורות בקובץ כשרק השורה הראשונה מכילה את פרטי המוצר הכוללים.
בחנות ישראלית יש שלוש מלכודות נפוצות בעבודה עם CSV: ראשית, Excel שומר CSV ב-Windows-1255 לעברית אם לא מציינים UTF-8 — זה מייצר תיבות שאלה במקום עברית. שנית, בקובץ טקסונומיית המוצרים של Shopify אפשר לשלוח Category ID או Breadcrumb, אבל לא את שניהם יחד. שלישית, מחירים בקובץ נכתבים ללא סימן מטבע — רק מספר עשרוני — כי המטבע נקבע ברמת הגדרות החנות.