כל קובץ שמועלה לחנות — בין אם דרך עמוד מוצר, עורך התבנית, מטא-שדה, Rich text editor, או ישירות מ-Admin → Content → Files — מסתיים באותו מאגר מרכזי. Shopify מנהלת את אחסון הקבצים על CDN משלה, כך שלכל קובץ יש URL ציבורי קבוע שניתן להשתמש בו בכל מקום בחנות, ב-Liquid, ב-metafields מסוג file, או בקישורים ישירים.
בחנות ישראלית שמנהלת קטלוג גדול, Files הוא לרוב מקום שמתמלא ומתבלגן מהר — אין תיקיות, ואין מחיקה אוטומטית של קבצים שאינם בשימוש. כדאי לנמק שמות קבצים בצורה ברורה לפני ההעלאה (למשל `running-shoes-red-side.jpg` ולא `IMG_4521.jpg`), כי ה-URL הציבורי נגזר מהשם ומשפיע גם על SEO של תמונות.