לפני שניתן להשתמש ב-Google Search Console לצרכי SEO של החנות, חייבים לאמת בעלות על הדומיין. שופיפיי ממליצה על שיטת URL prefix: מעתיקים meta tag שמספק ה-Console ומדביקים אותו ב-`theme.liquid` מתחת לתג `<head>`. לאחר אימות מוגישים את כתובת `sitemap.xml` שמייצרת שופיפיי אוטומטית — היא כוללת מוצרים, קולקציות, עמודים ופוסטים בבלוג.
בחנות עברית כדאי לנטר ב-Console את דוח ה-Coverage לזיהוי עמודים שנחסמו בטעות ב-robots.txt, ואת דוח ה-Core Web Vitals לזיהוי בעיות מהירות. חיפושים בעברית מופיעים בדוח Queries בתווי עברית — כדאי לבדוק שהמונחים שאיתם מוצאים את החנות תואמים את שפת התיאורים והכותרות בפועל.