כשחנות מנהלת כמה מיקומי מלאי — למשל מחסן מרכזי ושני סניפי Shopify POS — Inventory transfer הוא המנגנון שמבטיח שהמלאי יזוז בין המיקומים בצורה מסודרת ומבוקרת. יוצרים transfer מהאדמין או מאפליקציית POS, מציינים מוצרים וכמויות, ומשלוח ה-transfer. ברגע שהמקבל מאשר קבלה — שופיפיי מנכה מהמקור ומוסיפה ליעד, ונוצרת רשומה מלאה לביקורת.
בחנויות ישראליות שמשלבות POS עם מחסן מרכזי, העברות מלאי הן קריטיות למניעת מצב שבו אותו SKU מופיע כזמין בכמה מיקומים בו-זמנית. כלי Stocky של שופיפיי מרחיב את המנגנון עם תחזיות ביקוש והמלצות להזמנה מחדש, ושווה לשלב אותו בתהליך הניהול השוטף לפני עונות עמוסות כמו חגים וסיילים.