Shopify מארגנת מכירות לפי ערוצים: Online Store, Shop app, Shopify POS, Buy Button, Amazon, Instagram ועוד. לכל ערוץ יש הגדרות זמינות, אוטומציות ודוחות נפרדים. ה-Online Store sales channel הוא זה שכולל את התבנית, הדומיין, עמודי המוצר, הבלוג ועמודי התוכן — כלומר כל מה שהסוחר בונה בעורך התבנית ומפרסם לכתובת החנות הציבורית.
מבחינה מעשית, כלים שיווקיים רבים — כולל אוטומציות עגלה נטושה, פיקסלים, ו-Google Analytics — עובדים בברירת מחדל רק על Online Store ולא על ערוצים אחרים. בחנות שמשתמשת גם ב-POS (למשל חנות פיזית בישראל לצד חנות מקוונת) חשוב לבדוק כל אוטומציה ולדעת על איזה ערוץ היא חלה, אחרת הדוחות יראו נטישות שלא מקבלות מענה אוטומטי.