ב-Shopify קיימים שני סוגים עיקריים של חיוב חוזר: דמי המנוי על תוכנית החנות (Basic, Shopify, Advanced, Plus) שנגבים ישירות מכרטיס האשראי של הסוחר, ודמי מנוי על אפליקציות ממוקם שנגבות דרך Shopify Billing API ומצטברות לחשבון האחד. זה אומר שסוחר רואה חיוב מאוחד ב-Shopify ולא חיובים נפרדים לכל ספק אפליקציה.
בחנויות ישראליות חשוב לשים לב שחיובים חוזרים מוצגים תמיד בדולר (USD) גם אם החנות מוגדרת בשקל — כולל דמי האפליקציות. בנוסף, מחזור החיוב לא בהכרח מתחיל ב-1 לחודש אלא ביום ההתקנה או ביום פתיחת החנות, ולכן החשבונית הראשונה עשויה להיות חלקית (pro-rated). כדאי לבדוק את לוח החיובים תחת Settings → Billing לפני שמתקינים כמה אפליקציות במקביל.