ב-Shopify POS המכירה מתבצעת בחנות פיזית, ולכן ההגדרות צריכות לעיתים להיות שונות מהאונליין — למשל אם החנות הפיזית פעילה באזור עם שיעור מס נפרד, או אם POS מטפלת בעסקאות פטורות (תיירים בארה"ב למשל). ההגדרה היא ב-Settings → Taxes and duties → Shopify POS.

בישראל זה רלוונטי במיוחד לסוחרים עם סניף באילת — מע"ם 0%, בעוד שהאתר אונליין מציג 18%. ב-POS צריך להגדיר location מיוחד לאילת עם override של 0%, ולוודא שה-receipt מציין 'פטור ממע"ם — אזור סחר חופשי אילת'.