כל חנות שופיפיי רצה על תבנית אחת פעילה. התבנית מורכבת מ-sections (אזורים), blocks (בלוקים), templates (תבניות עמוד) וקבצי Liquid גלובליים כמו `theme.liquid`. תבניות מהדור החדש (Online Store 2.0) תומכות ב-JSON templates שמאפשרים עריכה חזותית מלאה דרך עורך הגרירה, בלי ידע בקוד. תבניות ישנות ("vintage") מוגבלות יותר ולא תומכות ב-app blocks של תוספי אפליקציות.
מבחינת SEO, תבניות שופיפיי רבות כוללות structured data בסיסי למוצרים (מחיר, זמינות, ביקורות) — אבל בחנות ישראלית עם תבנית מותאמת או אפליקציות רבות, הנתונים המובנים עלולים להישבר או להיות מוכפלים. לפני השקה כדאי לאמת את ה-structured data עם Google Rich Results Test, ולוודא ש-RTL, שפת עברית ומטבע ש"ח מוצגים נכון בכל עמוד.