כל תבנית ב-Shopify מורכבת מעשרות קובצי Liquid המחולקים לתיקיות: `layout`, `templates`, `sections`, `snippets`, `assets` ו-`config`. עריכת Theme code נעשית דרך Online Store → Themes → Edit code באדמין, או דרך Shopify CLI עם sync מקומי. זהו הכלי שמשתמשים בו כשעורך התבנית הגרפי לא מספיק — למשל להוסיף מטא-שדה שהתבנית לא חושפת כ-Dynamic source, לשנות מבנה HTML, או לתקן בעיית RTL ספציפית.
בחנות ישראלית יש לנהל שינויי Theme code בזהירות: כל עריכה ידנית הופכת את התבנית ל-"מסועפת" מהגרסה המקורית, וכשמשחררים עדכון לתבנית — השינויים ידרסו אם לא מנהלים גרסאות. הדרך הנכונה היא לעבוד על duplicate של התבנית, לתעד כל שינוי, ולהעדיף theme app extensions על פני עריכת קוד ישיר בכל פעם שניתן.