Shopify לא מנפיקה חשבוניות מס תקניות באופן אוטומטי — דורש אפליקציה (iCount, Sumit, EZ Count). האפליקציה מתחברת ל-Shopify, ובכל הזמנה יוצרת חשבונית מס עם פירוט VAT, מספר חשבונית רץ, ושולחת ללקוח באימייל. גם דיווח אוטומטי לרשות המסים.

בישראל חובה — חוק כללי. סוחר ש-לא מנפיק חשבונית מס בעברית עם ח.פ. מסתכן בקנס. ההמלצה: iCount או Sumit (שניהם ישראלים), עם אינטגרציה מובנית ל-Shopify. עלות ₪50-100 לחודש.