קופה נטושה מצומצמת יותר מעגלה נטושה: הלקוח לא רק הוסיף מוצרים לעגלה, אלא גם פתח את ה-Checkout, ולכן ההכוונה לרכישה כבר מאוד גבוהה. Shopify שומר רשומת checkout נטוש בכל מקרה כזה ומאפשר לראות אותה תחת Orders → Abandoned checkouts יחד עם הפרטים שהוזנו (אימייל, מוצרים, כתובת חלקית).
בחנות ישראלית הסיבות הנפוצות לנטישה הן עלות משלוח מפתיעה, ספק תשלום שלא תומך בכרטיס המקומי של הלקוח, או חוסר אמון בעמוד שאינו בעברית מלאה. אוטומציית שחזור (אימייל או SMS) שנשלחת תוך שעה הוכחה כיעילה במיוחד במונחי ROI על תנועה ששילמתם עליה ממילא.