בעבר ניתן היה לערוך את ה-Checkout בקוד Liquid; כיום הוא רכיב סגור של Shopify ומוגן ברמת PCI. את ההתאמות עושים דרך Checkout extensions (תוספי קופה), Checkout Blocks ו-app blocks ייעודיים — אלה מאפשרים להוסיף שדה מתנה, להציג הנחת B2B, או להפעיל לוגיקה של משלוח בלי לפרק את האבטחה של תהליך התשלום.
בחנויות בישראל ה-Checkout הוא הנקודה הקריטית למסי קנייה, מטבע ש"ח, איסוף עצמי, ספקי סליקה מקומיים (פאי, גרין-אינווייס, היפר), ו-RTL מלא של הטפסים. כדאי תמיד לבדוק את ה-Checkout בסביבת preview עם הזמנת בדיקה אמיתית — כולל קוד הנחה, משלוח חינם מעל סכום מסוים, ושפת אימייל אישור ההזמנה — לפני שמשיקים מבצע.