Shopify לבד אינו תוכנת הנהלת חשבונות. הוא מספק את הנתונים הגולמיים — הזמנות, החזרים, עמלות סליקה — ומאפשר לייצא אותם או לסנכרן אוטומטית למערכת הנהלת חשבונות באמצעות אפליקציה. בחנויות בינלאומיות נפוצים QuickBooks ו-Xero; בישראל הסטנדרט הוא חשבשבת, רביב, ריווחית או חשבונית ירוקה.

החיבור נעשה דרך אפליקציית Shopify שמייצרת חשבונית מוכרת לכל הזמנה, מעבירה את ההוצאות, ומסנכרנת את מע״מ. חשוב לבדוק שהאפליקציה מטפלת נכון בהזמנות בחו״ל (0% מע״מ אבל דורש תיעוד מיוחד) ובהחזרים.