כשחנות משתמשת ב-Shopify Payments, עמלות העסקה של Shopify עצמה מתאפסות לאפס — משלמים רק את עמלת הסליקה לפי תוכנית ה-Shopify שנבחרה. בנוסף, ה-Checkout משתלב ישירות עם Shopify Payments ומאפשר תכונות כמו Shop Pay, תשלומים מואצים, וניהול החזרים ישירות מה-Admin. זהו ההסדר הפשוט ביותר לסוחרים במדינות שבהן השירות זמין.
בישראל Shopify Payments אינו זמין, ולכן כל חנות ישראלית מחויבת בעמלת transaction fee נוספת (0.5%–2% בהתאם לתוכנית) מעבר לעמלה של ספק הסליקה שנבחר. בעת השוואה בין ספקים מקומיים — Cardcom, PayPlus, Meshulam ואחרים — חשוב לחשב את העלות הכוללת: עמלת הסליקה של הספק ועמלת העסקה של Shopify ביחד, ולא כל אחת בנפרד.