ההפעלה תחת Settings → Users → Security → Two-step authentication. Shopify תומך בשני אמצעים: SMS (קוד בהודעה) או Authenticator app (Google Authenticator, Authy, 1Password). אפליקציית מאמת היא הבחירה הבטוחה — SMS חשוף ל-SIM swap.

אחרי ההפעלה Shopify מציג קודי גיבוי — חובה לשמור אותם במקום אחר (מנהל סיסמאות, כספת). אם תאבדו את האפליקציה ואין לכם קודי גיבוי, יידרשו ימים של תהליך זיהוי מול תמיכת שופיפיי כדי להחזיר את הגישה לחנות.