ב-Shopify Admin ניתן להגדיר הרשאות ברמת Staff — כל עובד מקבל גישה רק לאזורים שרלוונטיים לתפקידו: מחסנאי רואה רק מלאי, נציג שירות לקוחות רואה הזמנות ולקוחות, מעצב רואה רק תבניות ותוכן. הרשאות מוגדרות תחת Settings → Users and permissions, וב-Shopify Plus ניתן לשלב גם עם Shopify Organization Admin לניהול מרובה חנויות.
בחנות ישראלית עם מספר עובדים חשוב לאמץ עקרון של הרשאות מינימליות: אל תתן גישת Admin מלאה לכל מי שמטפל בחנות. כשמתקינים אפליקציה חדשה, בדקו אילו scopes היא מבקשת — אפליקציה שמבקשת `write_orders` ו-`read_customers` לצורך ייבוא תמונות בלבד מעוררת חשד. ביקורת הרשאות תקופתית — הן של Staff והן של אפליקציות — מפחיתה סיכוני אבטחה.