כשרוצים שהאתר הראשי (`example.com`) ישאר אצל ספק אחר והחנות תרוץ ב-Shopify, יוצרים תת-דומיין: `shop.example.com` או `store.example.com`. בספק הדומיינים מוסיפים רשומת CNAME שמצביעה ל-`shops.myshopify.com`, ובשופיפיי מאמתים את הבעלות.

החסרון: SEO מקבל את שני הדומיינים כשני אתרים נפרדים — אם אתר התאגיד מקדם תוכן, החנות לא מקבלת מזה ערך. ההמלצה הטובה יותר היא להפעיל את החנות על הדומיין הראשי ולהעביר את אתר התאגיד לעמוד בתוך החנות, או לתת-תיקייה דרך פרוקסי הפוך (מורכב להגדרה).