ל-Shopify יש שתי אפשרויות לניהול דומיין: קנייה ישירה מתוך ה-Admin (Shopify מתפקדת כרשם הדומיין וניהול ה-DNS וחידוש שנתי נעשים מתוך הממשק), או חיבור דומיין קיים שנרכש אצל ספק חיצוני כמו GoDaddy, Namecheap או רשם ישראלי — במקרה הזה צריך לעדכן את רשומות ה-DNS (CNAME או A Record) כדי שיצביעו לשרתי Shopify. לכל חנות יש גם כתובת ברירת מחדל בפורמט `storename.myshopify.com` שנשארת פעילה תמיד.
בחנות ישראלית כדאי לשקול דומיין עם סיומת `.co.il` — הוא מחזק אמון מקומי, תורם ל-SEO בחיפושים ישראליים, ומצביע על חנות מקומית. רשמי `.co.il` (כמו I.S.O.C) אינם נמכרים ישירות דרך Shopify, ולכן צריך לרכוש אצל ספק ישראלי ולחבר ידנית. בנוסף, מי שמפעיל מספר חנויות (שווקים שונים, Shopify Markets) יכול להגדיר subdomain נפרד לכל מדינה.