בניגוד לפלטפורמות אחרות, Shopify לא שומרת snapshot מלא של החנות שאפשר לשחזר בלחיצה אחת. גיבוי מעשי מורכב ממספר פעולות נפרדות: ייצוא CSV של מוצרים, לקוחות והזמנות מתוך ה-Admin; הורדת קוד התבנית הפעילה דרך קטע Theme code; ותיעוד הגדרות שאין להן ייצוא אוטומטי כמו Shipping profiles, Payment providers, ו-Checkout extensions. חלק מהאפליקציות בחנות App Store מציעות גיבוי אוטומטי מתוזמן שמשלב את כל הרכיבים האלה.
בחנות ישראלית גיבוי קריטי במיוחד לפני שלושה אירועים: מעבר תבנית, התקנת אפליקציה שמשנה מוצרים בכמויות גדולות, ושינוי מבנה מטא-שדות קיים. ייצוא CSV לא שומר תמונות מוצר (רק URL-ים), ולא שומר מטא-שדות בברירת מחדל — צריך לייצא אותם בנפרד או לוודא שהאפליקציה שמבצעת גיבוי מכסה גם אותם.