ב-Shopify אין מנגנון מובנה שמשכפל חנות שלמה בלחיצה אחת. בפועל, שכפול מלא דורש כמה שכבות נפרדות: ייצוא CSV של מוצרים, קולקציות, לקוחות והזמנות מתוך Admin; הורדת קוד התבנית הפעילה דרך Theme editor; תיעוד ידני של הגדרות משלוח, מסים, ספקי תשלום, ואפליקציות מותקנות — ואז הקמה של חנות חדשה ויבוא הכל מחדש בסדר הנכון.
בחנויות ישראליות השכפול מסתבך עוד יותר: הגדרות מס קנייה (17%), חיבורים לסליקה מקומית ותצורת RTL של התבנית לא עוברות ב-CSV ומחייבות הגדרה ידנית בחנות המשוכפלת. אם המטרה היא סביבת פיתוח ולא חנות ייצור מלאה, כדאי לשקול שימוש ב-Development store דרך חשבון Partners במקום לשכפל חנות קיימת — זה חוסך רישיון חודשי נוסף.