Shopify כחברה בינלאומית כפופה לחוקי מס שונים בכל מדינה. כאשר מיקום החיוב של החנות נקבע לישראל, Shopify מוסיפה מע"מ (17% נכון לכתיבת שורות אלה) על גבי דמי המנוי החודשיים, עמלות עסקאות, וחיובי אפליקציות. מדובר במס על שירות דיגיטלי ולא על מכירות הלקוחות שלכם — אלו שני מסים נפרדים לחלוטין.
עסקים ישראליים שרשומים כעוסקים מורשים או חברות יכולים להזין מספר עוסק (ח.פ. או ע.מ.) בפרטי החיוב של שופיפיי — בחלק מהמקרים זה מאפשר להוריד את המע"מ מהחשבונית (reverse charge) אם Shopify מזהה את החשבון כעסקי. מומלץ לבדוק עם רואה חשבון כיצד לטפל בחשבוניות אלו בדוחות המע"מ של העסק.