אפליקציות קופה פועלות דרך מנגנון ה-Checkout extensions של Shopify — הן לא עורכות Liquid ישירות אלא מצהירות על רכיבים שמוצגים בנקודות מוגדרות מראש בתהליך התשלום. כך ניתן להוסיף שדה הודעת מתנה, בוחר תאריך אספקה, הסכמה לניוזלטר, עמוד upsell לאחר הרכישה, או לוגיקת אימות כתובת — הכל בלי לפרוץ את ה-sandbox המאובטח של ה-Checkout.
בחנות ישראלית, אפליקציות קופה הן הדרך המעשית להוסיף שדות כמו מספר ת.ז. לחשבונית, הזנת הערות לשליח, או בחירת נקודת איסוף. חשוב לוודא שהאפליקציה נבדקה עם RTL ועם ממשק עברי — חלק מאפליקציות הקופה נכתבו עבור LTR בלבד ושוברות את יישור הטפסים בחנויות עם שפת ממשק עברית.