קולקציות הן המבנה הבסיסי של ניווט קטלוג בשופיפיי: כל עמוד קטגוריה באתר הוא בפועל קולקציה עם URL ייעודי, תיאור, תמונה ופילטרים. קולקציה אוטומטית (Smart Collection) מעדכנת את תוכנה בזמן אמת לפי החוקים שהוגדרו — מוצר שקיבל תג "sale" נכנס אוטומטית לקולקציית המבצעים מרגע שמירת התג. קולקציה ידנית (Manual Collection) שומרת סדר קבוע של מוצרים שמתאים לאוצרות עריכתית.
בחנות ישראלית, קולקציות הן גם הכלי לניהול תצוגות עונתיות ומבצעי חגים — חג הפסח, ימי הרווקים, בלאק פריידי. כדאי לתכנן מראש את היררכיית הקולקציות ולשמור על עקביות בשמות (עברית בלבד, ללא ערבוב שפות ב-URL slug), כי ה-handle של הקולקציה נהיה חלק מה-URL ושינוי שלו לאחר שהתבסס גורר הפניות 301 שצריך לנהל.