בממשק האדמין של Shopify, Navigation נמצא תחת Online Store ומאפשר ליצור תפריטים בנויים מקישורים — כל קישור יכול לפנות לקולקציה, מוצר, עמוד, בלוג, URL חיצוני, או אפילו חיפוש מסוים. התפריטים שנבנים כאן זמינים בתבנית דרך `linklists` ב-Liquid, ותבניות Online Store 2.0 מאפשרות לקשר אותם לבלוקים ספציפיים בעורך הויזואלי.
בחנות עברית חשוב לשים לב לסדר הפריטים בתפריט: ב-RTL הפריט הראשון ברשימה יופיע בצד ימין של המסך. בנוסף, תפריטים מקוננים (dropdown) דורשים בדיקה ויזואלית מפורטת — חלק מהתבניות פותחות את ה-dropdown שמאלה וב-RTL הוא יוצא מחוץ למסך. אם משתמשים במסנן Navigation בחיפוש האדמין, אפשר לגשת לניהול התפריטים ישירות משורת החיפוש.