פלטת צבעים מקצועית בחנות שופיפיי בנויה משלוש שכבות: צבעים ראשיים (primary) שמופיעים בכפתורי CTA ובלוגו, צבעים משניים (secondary) שמשמשים לאלמנטי תמיכה כמו תגיות ומחירים, וצבעי מצב (status) — ירוק למלאי, אדום לשגיאה, צהוב להתראה. ב-Online Store 2.0 הצבעים מוגדרים פעם אחת בהגדרות התבנית (Theme settings) ומתפשטים אוטומטית לכל הסקשנים.
הנקודה הקריטית בפלטה היא ניגודיות (contrast ratio): לפי תקן WCAG AA, טקסט על רקע צבעוני חייב ניגודיות של לפחות 4.5:1. בחנות עברית שבה גופן ברירת המחדל הוא לעיתים דק יותר ממה שמתאים ל-RTL, כדאי להחמיר ולכוון ל-7:1. כלי כמו Colour Contrast Analyser עוזר לבדוק את כל שילובי הצבעים לפני העלייה לאוויר.