אם ספק הדומיין לא תומך באינטגרציה אוטומטית, צריך לחבר ידני: בספק הדומיין, להגדיר A record ל-`23.227.38.65` ו-CNAME מ-`www` ל-`shops.myshopify.com`. בשופיפיי, להזין את שם הדומיין ולחכות לאימות (לרוב תוך 24-48 שעות).

בחנות ישראלית רוב הספקים המקומיים דורשים חיבור ידני. הסוחר נכנס לאזור הניהול של הדומיין, מוסיף שתי רשומות DNS, ומחזיר. שופיפיי מציג הוראות מדויקות לפי הספק. אם נתקעים — תמיכת שופיפיי או היועץ הטכני יכולים לעזור.