ב-Shopify POS כל איש צוות שמורשה לבצע פעולות בקופה מקבל קוד PIN ייחודי. הקוד משמש לשני דברים עיקריים: ראשית, זיהוי העובד לפני ביצוע פעולות רגישות כמו מתן הנחה, ביטול עסקה או פתיחת מגירת מזומנים; שנית, שמירת לוג מדויק של מי עשה מה ומתי — מה שחיוני לניהול משמרות ולדוחות מכירות לפי נציג.
בחנויות פיזיות בישראל שמשתמשות ב-Shopify POS, ניהול נכון של PIN-ים הוא גם שאלה של עמידה בנהלי עבודה: מנהל החנות יכול לאפס PIN דרך ה-Admin, לקבוע רמות הרשאה שונות לעובדים שונים, ולוודא שעובד שעזב אינו יכול עוד לגשת לקופה. מומלץ לחייב שינוי PIN בתחילת עבודה של כל עובד חדש.