ב-Shopify כל חשבון צוות (staff account) מקבל ערכת הרשאות גרנולרית: אפשר לאפשר גישה לאזורים ספציפיים כמו Orders, Products, Customers, Analytics, Discounts, ו-Settings בנפרד, ולהגביל פעולות רגישות כמו מחיקת מוצרים, החזרי כסף, או צפייה בנתוני תשלום. הבעלים (owner) של החנות הוא היחיד שלא ניתן להגביל.
בסביבת Shopify POS (נקודת מכירה פיזית) ההרשאות מקבלות שכבה נוספת: אפשר לקבוע שהנחות מעל אחוז מסוים דורשות PIN של מנהל, או שעובד יכול לבצע מכירות אך לא ביטולים. בחנויות ישראליות עם מספר עובדים בקופה — חנויות פיזיות, פופ-אפים, שווקים — זה הכלי שמונע טעויות יקרות ושומר על מסלול ביקורת תקין לצרכי הנהלת חשבונות.