כל Staff member (איש צוות) ב-Shopify POS מקבל PIN נפרד — קוד בן 4–6 ספרות שמזהה אותו בקופה. ה-PIN אינו קשור לסיסמת ה-Shopify Admin שלו; הוא מנגנון נפרד שמיועד לסביבת מכירה פיזית מהירה. כאשר עובד מתחיל משמרת, הוא מזין את ה-PIN שלו, וה-POS מציג את ההרשאות שהוגדרו לתפקידו — מה מותר לו להחזיר, לבטל, לתת הנחה.
מנהל חנות (Admin) יכול לאפס את ה-PIN של כל עובד מתוך הגדרות ה-Staff ב-Shopify Admin, ואילו העובד עצמו יכול לשנות את ה-PIN מתוך אפליקציית ה-POS ישירות. בחנות ישראלית עם כמה קופאים במשמרת, מומלץ לחייב PIN ייחודי לכל עובד ולא לאפשר PIN משותף — כך מתאפשר מעקב אחרי כל פעולה רגישה (החזר כספי, ביטול שורה, הנחה ידנית) ברמת עובד בודד בדוחות המכירות.