Shopify POS מורכבת מאפליקציית iPad/אנדרואיד וחומרת קופה (קורא כרטיסים, מגירת מזומן, מדפסת קבלות) שמחוברים לאותו back-end של החנות. כל מכירה בקופה הפיזית מורידה מלאי מאותו מאגר שממנו מוכרת החנות הדיגיטלית, כך שלא נוצרת מכירת יתר. ב-Shopify POS Pro אפשר להגדיר הרשאות לפי עובד — כולל שדה `POS MANAGER APPROVAL` שמכתיב אם פעולות כמו מתן הנחה ידנית או ביטול עסקה דורשות אישור מנהל.
בחנויות ישראליות שמשלבות מכירה פיזית ואונליין, ה-POS מאפשר לנהל לקוחות מאוחדים (loyalty, היסטוריית קנייה) וכן להנפיק קבלה ב-RTL. חשוב לוודא שספק הסליקה הפיזי (כרטיסי אשראי ב-POS) מחובר לשופיפיי — לא כל מעבד תשלומים ישראלי תומך בחיבור ישיר, וחיבור לא תקין יוצר פיצול בין רשומות ה-POS לרשומות הפיננסיות.