כאשר מבצעים Deactivate ב-Shopify, החנות עוברת למצב מושהה: הלקוחות רואים עמוד חסום, הסוחר מאבד גישה לרוב פונקציות האדמין, וכל האפליקציות המוגדרות מפסיקות לפעול. הנתונים (מוצרים, הזמנות, לקוחות) נשמרים לתקופה מוגדרת לפי מדיניות שופיפיי, ואפשר להפעיל מחדש את החנות על ידי בחירת תוכנית מנוי חדשה.
בחנות ישראלית חשוב לבדוק לפני סגירה מספר נקודות: לוודא שכל החשבוניות והמסמכים הפיננסיים ייצואו (CSV, חשבונות חיצוניים), לבטל ידנית אפליקציות בתשלום נפרד שאינן מבוטלות אוטומטית, ולוודא שחידושי מנוי קרובים לא ייגבו לפני הסגירה. Shopify גובה את יתרת החיוב החודשי הנוכחי גם אם סוגרים באמצע החודש.