כל חנות Shopify (שופיפיי) חייבת להיות משויכת לתוכנית פעילה. התוכנית קובעת שלושה פרמטרים מרכזיים: עמלת העסקה שנגבית על כל מכירה (מתאפסת לחלוטין כשמשתמשים ב-Shopify Payments), מספר חשבונות הצוות והמחסנים המותרים, ותכונות כמו price lists של B2B, דוחות מתקדמים, ו-Checkout extensibility מלא. מעבר לתוכנית גבוהה יותר נכנס לתוקף מיד, מעבר לנמוכה יותר נכנס לתוקף בסוף מחזור החיוב.
בחנויות ישראליות חשוב לדעת שדמי המנוי גובים בדולר אמריקאי (USD) ומחויבים בנפרד מהוצאות כמו דומיינים, אפליקציות ועמלות Shopify Payments. בעת חידוש שנתי מומלץ לוודא שאמצעי התשלום המחובר לתוכנית תקף — פקיעת כרטיס אשראי עלולה להקפיא את החנות ולא רק את הדומיין.