ב-Shopify אפשר ליצור קוד הנחה ידני (קוד ספציפי שמחלקים ללקוחות) או הנחה אוטומטית שמופעלת לפי תנאים בלי שהלקוח צריך להזין כלום. קודים ידניים תומכים בהגבלות כמו מספר שימושים מרבי, תוקף בתאריך, סל מינימלי, ואפילו מגבלה ללקוחות ספציפיים. את כל הקודים שנוצרו אפשר לייצא כ-CSV ולייבא לחנות אחרת — שימושי בעת שכפול חנות שופיפיי.
בחנות ישראלית חשוב לבדוק שהנחה אחוזית מחושבת על המחיר כולל מע"מ ולא לפניו, כי לקוחות ישראליים רואים מחיר סופי ומצפים שה-10% יחושבו עליו. בנוסף, שילוב של כמה קודים בקופה אחת אינו אפשרי כברירת מחדל — אפליקציות כמו Shopify Functions מאפשרות לוגיקת הנחות מורכבת יותר אם יש צורך.