כאשר מספר אפליקציות מוסיפות רכיבים ל-Checkout — תיבת הערה למתנה, שדה קוד עסק, וידג'ט תרומה, ממשק קצב משלוח — הסוחר צריך כלי לנהל את הסדר, הנראות וההפעלה שלהם בלי לגעת בקוד. ממשק ה-"Manage checkout apps" הוא בדיוק זה: רשימה ריכוזית של כל ה-checkout extensions הפעילות, עם אפשרות להפעיל/לכבות כל אחת ולגרור לסדר הרצוי.
בחנות ישראלית שמשתמשת בספק סליקה מקומי ובאפליקציית חשבוניות, הממשק הזה הוא המקום לוודא שרכיב ה-VAT / מס קנייה ורכיב אישור ההזמנה מופיעים לפני כפתור התשלום ולא אחריו. שינויים שנעשים כאן לא דורשים פרסום תבנית מחדש — הם נכנסים לתוקף מיידית בכל ה-Checkout.