מעבר מ-Amazon ל-Shopify דורש: ייצוא מוצרים מ-Amazon Seller Central (CSV), ייבוא ל-Shopify (Bulk import), העברת ביקורות (דרך אפליקציה — Yotpo, Loox), ובניית קטלוג חדש מותאם ל-Shopify. שופיפיי מציעה Shopify Store Migration app שמסייעת.

בחנות ישראלית בעת מעבר מ-Amazon ל-Shopify, יתרון: שליטה מלאה בחנות + מותג ייחודי + עמלות נמוכות יותר. חסרון: לאבד את תנועת Amazon (300M+ משתמשים). ההמלצה: לא לעזוב את Amazon בבת אחת — להפעיל Shopify במקביל, ולעבור הדרגתית.