ב-Shopify Admin, Online Store הוא אחד מ"Sales channels" — ערוצי המכירה. הוא כולל את ניהול התבנית (Theme), עמודים (Pages), בלוג (Blog Posts), תפריטים (Navigation), וההגדרות של הדומיין. כל מה שקשור לחזות החנות הציבורית — עיצוב, RTL, צבעים, פונטים — מנוהל מתוך הסעיף הזה, ולא מתוך הגדרות החנות הכלליות.
בפועל, אחת מנקודות הבלבול הנפוצות בקרב צוותים ישראלים היא ההבדל בין Online Store לבין שאר ה-Admin: עריכת תוכן (תמונות, תיאורים, מחירים) נעשית בניהול הקטלוג, ואילו איך התוכן הזה נראה ומאורגן נקבע ב-Online Store. אפליקציות שמוסיפות בלוקים לתבנית גם מחוברות לכאן — דרך עורך התבנית שנמצא תחת Online Store → Themes.