בניגוד לאפליקציות רגילות שרצות ב-Admin, POS apps מוטמעות ישירות בתוך ממשק Shopify POS באייפד או באנדרואיד. הן מופיעות כאריחים ב-Smart Grid — הרשת הראשית של הקופאי — ומאפשרות לפתוח תהליכים נוספים בלי לעזוב את מסך המכירה. המפתח משתמש ב-POS UI Extensions כדי לבנות ממשק שמשתלב עם עיצוב Shopify POS ומקבל גישה לסשן המכירה הפעיל.
בחנות פיזית ישראלית POS apps הן הדרך המרכזית לחבר את הקופה למערכות מקומיות — כגון תוכנת נאמנות, קופון גיפטקארד ישראלי, או הפקת חשבוניות עסקיות לפי דרישות רשות המסים. לפני שמתקינים POS app כלשהי כדאי לבדוק שהיא תומכת ב-POS Pro (לא רק ב-POS Lite) ושהיא עומדת בדרישות הסליקה הישראלית.