בניגוד לאפליקציה ציבורית שעוברת סקירת Shopify ומותקנת על ידי אלפי חנויות, Custom app נוצרת ישירות מתוך Shopify Admin תחת Settings → Apps → Develop apps. היא מקבלת API credentials ייחודיים (Admin API access token ו-Storefront API token) שתקפים רק לאותה חנות, ואין צורך בזרימת OAuth מלאה — הטוקן נוצר פעם אחת ונשמר בסביבת הפיתוח.
בחנויות ישראליות, Custom app היא הפתרון הנפוץ לאינטגרציות עם מערכות מקומיות כמו Priority, חשבשבת, ספקי לוגיסטיקה ישראלים, ומערכות CRM — מקרים שבהם אין אפליקציה ציבורית מתאימה ב-App Store. חשוב לתעד היטב את ה-scopes שניתנו ולסובב (rotate) את הטוקן מיד אם הוא דלף, כי אין מנגנון OAuth שמאפשר ביטול מרחוק.