Shopify מספקת מנגנוני פרטיות מובנים: הסוחר יכול לשלוח ללקוח בקשת מחיקת נתונים, לייצא את כל הנתונים שנשמרו עליו, ולתעד הסכמה לשיווק (marketing consent) בנפרד מפרטי הקשר. נתוני הלקוח — שם, אימייל, מספר טלפון, כתובת, היסטוריית הזמנות — מאוחסנים ב-Customer profile ונגישים ל-Shopify Admin וכל אפליקציה שקיבלה את ה-scope המתאים.
בישראל חלה חובה לפי חוק הגנת הפרטיות ותיקון 13 לנהל מאגר מידע ולאפשר ללקוחות לממש זכויות גישה ומחיקה. בנוסף, חוק הספאם אוסר לשלוח דיוור שיווקי ללא הסכמה מפורשת — הסכמה שחייבת להיות מתועדת ב-marketing consent של שופיפיי. כדאי לוודא שכל נקודות איסוף המידע בחנות (טופס רישום, Checkout, POS) כוללות תיבת סימון הסכמה ברורה בעברית.