Intuit הפסיקה את התמיכה ב-QuickBooks Desktop POS ב-2023, מה שדחף אלפי סוחרים לחפש חלופה. Shopify POS היא אחת מהאפשרויות המרכזיות: היא מספקת קופה פיזית (חומרה), ניהול מלאי, ולקוחות, ומסונכרנת ישירות עם החנות המקוונת. תהליך המעבר כולל ייצוא נתונים מ-QuickBooks Desktop POS בפורמט CSV, מיפוי שדות לפורמט הייבוא של Shopify, וולידציה שאין כפילויות SKU או ערכי מלאי שגויים.
חשוב להבחין בין QuickBooks Desktop POS לבין QuickBooks accounting (מערכת הנהלת חשבונות) — המעבר ל-Shopify POS מחליף רק את מערכת הקופה, לא את החשבונאות. סוחרים רבים ממשיכים לעבוד עם QuickBooks לצרכי הנהלת חשבונות ומחברים אותה ל-Shopify דרך אפליקציות סינכרון כמו QuickBooks Connector. בחנויות ישראליות יש לבדוק בנוסף כיצד מתממשקת מערכת החשבוניות המקומית לאחר המעבר.