בשופיפיי כל מוצר ווריאציה יכולים להיות עם מעקב מלאי פעיל — Shopify סוקר אוטומטית את הכמות עם כל רכישה, החזרה או התאמה ידנית. ניתן להגדיר ל כל SKU מדיניות oversell (מכירה מעבר למלאי), מיקומים (locations) שונים לכל מחסן או חנות פיזית, ולהפעיל התראות כשמלאי נמוך מסף שהוגדר. כל זה מסונכרן בין Shopify Admin, Shopify POS וערוצי מכירה חיצוניים שמחוברים ל-API.
בחנות ישראלית עם מחסן מקומי וחנות פיזית בו-זמנית, חשוב להגדיר Locations נכון כדי שמלאי ה-POS לא ייאכל מהמלאי האונליין בטעות. אם עובדים עם ספק לוגיסטי (3PL) ישראלי כמו XPO או Ship2You, הסנכרון מתבצע לרוב דרך Webhook של `inventory_levels/update` — כדאי לוודא שהאינטגרציה כותבת חזרה לשופיפיי בזמן אמת ולא בבאצ׳ים שעתיים.