ב-Shopify מגדירים הפניות מתוך Admin → Online Store → Navigation → URL Redirects. כל הפניה מציינת כתובת מקור (ישנה) וכתובת יעד (חדשה), ונשלחת לדפדפן כ-301 (קבועה) — מה שמעביר גם "משקל" SEO לכתובת החדשה. אפשר לייבא הפניות בכמות גדולה דרך CSV, דבר קריטי בעת מיגרציה מפלטפורמה אחרת כמו WooCommerce או Wix לשופיפיי.
בחנות ישראלית ההפניות הכי חשובות הן אלה שנוצרות כשמחליפים שם מוצר, ממחזרים סלאג של קולקציה, או מסירים דומיין משני. Shopify יוצרת חלק מהן אוטומטית כשמשנים ידית (handle) של מוצר — אבל לא תמיד. לפני כל שינוי URL גדול כדאי לייצא רשימת URLs קיימת, לוודא שכל כתובת שהופיעה בניוזלטר, בגוגל שופינג, או בלינקים פנימיים מקבלת הפניה מפורשת.