בתוך מערכת Markets של Shopify ניתן להגדיר שוק שמחבר בין חנויות פיזיות (POS locations) לבין קבוצת הגדרות ייחודית — מחיר שונה לאותו מוצר, מטבע שונה, כללי מס שונים, והנחות אוטומטיות (Automatic discounts) שפועלות רק בנקודת המכירה הזו. זה מאפשר לרשת עם סניפים מרובים לנהל מחירון נפרד לסניף תל אביב לעומת אילת, למשל, בלי לתחזק קטלוגים נפרדים.
בישראל השימוש הנפוץ ב-Retail markets הוא הפרדה בין מכירה אונליין למכירה פיזית — מחיר מדף בחנות הפיזית שונה ממחיר הרשת, או הנחת רשת לחברי מועדון שרלוונטית רק בקופה הפיזית. כדי שזה יעבוד תקין צריך POS Pro לפחות לאחד המיקומים, ולשייך את ה-location לשוק הנכון בהגדרות Markets.