ב-Shopify POS, לאחר שמוצרים נוספו לעגלה, מסך בחירת אמצעי התשלום מציג את כל השיטות הפעילות שהוגדרו לאותו מיקום. הקופאי יכול לפצל את הסכום בין מספר אמצעים (למשל חלק במזומן וחלק בכרטיס), להחיל קרדיט חנות, או לגבות תשלום חלקי ולהשאיר יתרה פתוחה להמשך. כל אמצעי מחייב הגדרה מראש בהגדרות ה-POS של החנות.
בחנויות ישראליות חשוב לוודא שאמצעי התשלום המקומיים (סליקת אשראי מקומית, תשלומים בתשלומים, ביט) מוגדרים נכון כ-custom payment methods אם אינם נתמכים ישירות על ידי Shopify Payments — שאינו זמין בישראל. בנוסף, כל שיטת תשלום צריכה להיות ממופה נכון בדוחות הכספיים כדי לא ליצור פערי גישור בהנהלת החשבונות.