כל שיטת משלוח בשופיפיי מוגדרת בתוך Shipping profile (פרופיל משלוח) ומורכבת משם, מחיר (קבוע או מחושב), ותנאי הפעלה — מינימום/מקסימום משקל, סכום הזמנה, אזור גיאוגרפי. כשהלקוח מגיע לשלב המשלוח בקופה, Shopify מסננת אוטומטית ומציגה רק את השיטות שרלוונטיות לכתובת ולתכולת העגלה שלו.
בחנות ישראלית חשוב לנסח את שמות שיטות המשלוח בעברית ברורה — "שליח עד 5 ימי עסקים", "איסוף עצמי מהאזור התעשייתי", "משלוח מהיר עד 48 שעות" — כי השם מופיע ללקוח בקופה, באימייל האישור ובדף ההזמנה. כדאי גם לוודא שספק השליחויות המקומי (ישפוסט, DHL, UPS ישראל) מחובר דרך אפליקציית משלוחים שמחשבת מחירים בזמן אמת ולא מחיר אחיד שגורם להפסד על הזמנות כבדות.