שיטות משלוח מוגדרות בתוך Shipping profiles (פרופילי משלוח) ב-Shopify Admin. לכל פרופיל אפשר להגדיר zones (אזורי יעד גיאוגרפיים) ולכל zone לשייך כמה rates (תעריפים): תעריף קבוע, תעריף לפי משקל, משלוח חינם מעל סכום מסוים, או תעריף חי שנמשך בזמן אמת מחברת שליחויות. הלקוח רואה רק את השיטות הרלוונטיות ליעד שהזין בקופה.
בחנות ישראלית כדאי להגדיר לפחות שלוש שיטות נפרדות: משלוח רגיל בדואר ישראל, שליח עד הבית (חברות כמו DHL, FedEx Local, קנפה), ואיסוף עצמי — כל אחת כ-rate נפרד עם שם ברור בעברית. שימו לב שבחנויות עם Markets מופעל, אפשר להציג שיטות שונות לאזורים שונים (ישראל מול חו"ל) בלי לשכפל את כל פרופיל המשלוח.