אפליקציית Shop היא ארנק דיגיטלי ופלטפורמת גילוי מוצרים של Shopify שמותקנת על מכשיר הלקוח. כאשר מפעילים Shop features בחנות, הלקוח יכול לעקוב אחרי הזמנותיו בזמן אמת, לקבל הודעות על שינויי סטטוס, לשמור את פרטי התשלום שלו ל-Shop Pay, ולגלות מוצרים חדשים דרך פיד ממומן וישיר. ההפעלה נעשית מתוך Shopify Admin ורוב התכונות פעילות אוטומטית ברגע שמחברים חשבון Shop.
בחנות ישראלית כדאי לבדוק כל תכונה בנפרד: מעקב משלוחים עובד רק עם ספקי שליחויות שמוכרים ל-Shop (DHL, Israel Post עם מספרי מעקב תקניים), ואפשרויות ההחזר והביטול דרך האפליקציה חייבות להיות תואמות למדיניות ההחזרות שהגדרתם בחנות. לפני שמשיקים, מומלץ לבצע הזמנת בדיקה אמיתית ולעבור על כל שלב בזרימה כפי שלקוח ישראלי יחווה אותה.